臭氧具有强烈的消毒灭菌作用，杀菌*迅速。在消毒灭菌的同时，臭氧可自行还原为氧气，不留任何痕迹，无二次污染，是一种环保型杀菌剂；同时，也可避免紫外线能效低、化学熏蒸污染大的缺点。
臭氧适用于食品生产企业的原料及成品贮存、保鲜、消毒的工艺过程之中，例如，可用于：冷库消毒；生产车间空气的灭菌净化；蔬菜水果加工、贮藏及防霉保鲜；矿泉水杀菌保质以及生产用水、生产工具容器、包装物等的消毒；有助于食品生产企业通过食品行业的gmp及haccp体系的认证。
臭氧的另一个重要用途是用于水处理过程中。臭氧用于洁净水、矿泉水、无盐水的消毒杀菌时，可起到杀菌、除异味、增氧和改善口感的作用；用于游泳水净化、中水回用、污水的处理时，可去除污水中难处理的化学物质，并有脱色，除异味功能；臭氧还可在循环冷却水时，阻止水垢生成、缓解设备及管道腐蚀。
客观地讲，臭氧是一种、环保的杀菌剂。既然臭氧有如此多的优点，那为什么许多食品企业还不愿意购买使用臭氧设备呢？专家认为，导致这种现状的原因很多，不少企业误认为“用臭氧杀菌的成本很高”，就是重要原因之一。
那么，用臭氧杀菌的成本是不是真的很高呢？专家认为，事实并非如此，原因主要有：1.原料成本低。臭氧的原料来源充足，可以直接用空气为原料，原料及原料处理几乎不要花钱。2.操作简单方便，在使用微电脑控制的臭氧发生器时，可以设定工作参数，无需人员值守，可减少人工费用。3.可减少健康费用的支出。自动化控制程度高，人员无需呆在消毒室，且臭氧发挥杀菌作用后，会很快分解，所以，用臭氧杀菌消毒，不会对操作人员的健康产生危害，不会引发象化学熏蒸剂消毒那样的职业病。4.运行费用低。以臭氧消毒，消耗的成本主要是电费，例如，一个体积为300立方米的食品车间用臭氧消毒，只要用15克臭氧、保持空间臭氧浓度达10ppm一小时即可。而要达此要求，只要用臭氧发生量为10克/小时的臭氧发生器即可，这种设备的功率为70～80瓦。也就是说，一台80瓦的臭氧发生器只要运行一小时，就可以满足一个体积为300立方米的食品车间的消毒要求，很显然，这样的电费并不高，食品企业*可以承受。而一台臭氧发生量为10克/小时的臭氧发生器，售价约为4000～5000元之间。5.相对于用化学熏蒸剂消毒而言，购买臭氧设备的一次性投入较大；但从长期来看，臭氧消毒的运行费用并不高。化学熏蒸剂是有毒有害物品和一次性消耗品，为了保存和使用这种物品，须设置专门的仓库和设施，这也要花一笔不小的钱，在食品行业而言，这笔钱极可能比一台臭氧设备的购置款大很多；每次消耗掉的化学熏蒸剂也要花钱。而一台臭氧设备，只要保养得当、正确使用，可以使用多年。6.臭氧设备的杀菌能力有大小之分，价格也各不相同，食品企业*可以根据自己的生产要求进行选购。一般的食品工厂，选用发生量为100克/小时的臭氧设备即可，灭菌体积可达2000立方米。
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